Uuel koroonaviirusel on vähemalt kaheksa tüve. Kas viirus võib isegi ohtlikumaks muutuda?
Ehkki paljud küsimused on veel vastuseta, annavad viiruse ainuomased mikroskoopilised iseärasused teadlastele aimu sellest, milline oli viiruse algupärane tüvi, kuidas see muteerudes käitub, millised tüved kujunevad pandeemilisteks ja millised karantiinimeetmete tõttu välja surevad.
Uurimislaboratooriumid kogu maailmas on pannud oma sekventsimisaparaadid kiiremas korras sekventsima haigusesse COVID-19 nakatunud inimestelt kogutud viiruseproovide genoome.
Kogutud teave laaditakse üles veebilehele NextStrain.org, mis näitab, kuidas viirus rändab ja sarnasteks, ent uuteks alltüüpideks jaguneb.
Imeväikesed erinevused viirustüvede vahel annavad mõista, et mõnel pool kehtestatud eriolukorrad koos liikumiskeeldudega annavad soovitud tulemusi, ükski tüvedest pole eluohtlikum kui teised ning pole näha, et uued tüved arenemise käigus ohtlikumaks muutuksid.
„Viirus muteerub nii aeglaselt, et eri tüved on üksteisega põhimõtteliselt väga sarnased,“ kinnitas California San Francisco ülikooli arstiteaduskonna professor Charles Chiu.
Viiruse SARS-CoV-2 genoom koosneb u 30 000 aluspaarist (võrdluseks: inimese genoomil on rohkem kui kolm miljardit aluspaari). Seni pole teadlased viiruse isegi kõige suuremal määral lahknevatest tüvedest tuvastanud rohkem kui 11 aluspaari-muudatust.
Tänu sellele on uusi tüvesid arenemise käigus lihtne avastada, väitis Chiu. „Nakkuspuhanguid on võimalik seirata. Me saame genoome sekventsida peaaegu reaalajas ja seega teha kindlaks, millised tüved parasjagu levivad,“ selgitas professor.
Praegu pole esimene kord, mil teadlased on epideemia ajal viirust kiirkorras geneetiliselt analüüsinud. Sama tehti Zika-, Ebola- ja Lääne-Niiluse viiruspuhangute raames, kuid toona ei pööranud suurt keegi väljaspool teadlaskonda sellele eriti tähelepanu.
Eri viirustüvede levikukaardid leiduvad veebikeskkonnas NextStrain, kus uurijad saavad visuaalselt seirata SARS-Cov-2 genoomika kujunemist. Hetkel hõlmab keskkond kuuel mandril 36 riigis kogutud genoomijärjestusi.
USA-s California osariigis tegutseva mittetulundusliku biomeditsiiniuuringute keskuse Scripps Research juures töötav professor Kristian Andersen tunnistas, et „kaardid võivad olla natuke ohtlikud“. Viiruste „evolutsioonipuud“ on keerukad ja ekspertidel on raske nende põhjal kindlaid järeldusi teha.
„Ei maksa unustada, et me näeme siiski vaid väikest läbilõiget märksa suuremast pandeemiast. Hetkel on kirjeldatud poolt miljonit haigusjuhtu, sekventsitud aga vaid umbes tuhat genoomi. Seega jäävad paljud põlvnemisahelad meile märkamatuks,“ nentis prof Andersen.
COVID-19 kulgeb eri inimestel erinevalt — mõnel on vaid ühe päeva jooksul tavalisest veidi kehvem enesetunne, mõni on sunnitud kaks nädalat voodihaige olema ja u 15% haigestunutest vajab haiglaravi. Hinnanguliselt sureb üks protsent nakatunutest. See näitaja on eri riikides väga erinev; tõenäoliselt johtub see testimise kättesaadavusest ega peegelda tegelikku suremusnäitajat.
Chiu osutusel ei ole tõenäoline, et need erinevused oleksid kuidagi seotud eri viirustüvedesse nakatumisega. "Praegu levivad viirustüved on üksteisega sisuliselt ikkagi äärmiselt sarnased,“ rõhutas ta.
Uus viirus ei muteeru eriti kiiresti. Koroonaviiruse SARS-CoV-2 muteerumise tempo on 8–10 korda aeglasem kui gripiviirusel, mis tähendab, et selle evolutsiooni kiirus on võrreldav muude koroonaviirustega nagu SARS ja MERS.
Samuti pole põhjust eeldada, et viirus areneks inimeste jaoks spontaanselt eluohtlikumaks kui see praegu on. SARS-CoV-2 saab inimestest peremeesorganismide nakatamisega nii edukalt hakkama, et edasiseks arenemiseks puudub evolutsiooniline surve.
Seni pole uurijatel eriti teavet Hiina riigi piires levinud viiruse genoomika kohta; teada on vaid tõsiasi, et esmakordselt ilmnes see mullu Wuhani linnas millalgi novembri keskpaiga ja detsembri keskpaiga vahelisel perioodil. Paraku ei tea teadlased, kas Hiinas ringles vaid üks viirustüvi või oli neid rohkem.
„Võimalik, et Hiina teadlased pole paljude haigusjuhtude puhul viirust sekventsinud. Andmete varjamisel võivad olla ka poliitilised põhjused,“ arvas Chiu. „Andmeid on keeruline tõlgendada, kuna meil puudub teave kõigi nende potentsiaalsete varajaste viirustüvede kohta.“
Lõuna-Hiinast riiki saabunud reisijatelt leitud viiruste genoome sekventsinud Ühendkuningriigi uurijad leidsid, et neil patsientidel tuvastatud eri viirustüved olid samad, mis praegu mujal maailmas levivad. „See võib tähendada, et mitmed praegu väljaspool Hiinat levivatest tüvedest arenesid esmalt seal algupärasest tüvest, aga võib ka tähendada, et nakatumisliine on palju. Väga raske on midagi kindlat väita,“ tunnistas Chiu.
Ehkki COVID-19 haiguspuhangu trajektoori kohta on veel väga palju vastamata küsimusi, on teadusringkonnad suuresti üksmeelselt veendunud ühes asjas: seda viirust ei ole valmistatud laboratooriumis, vaid see on loomulikul viisil arenenud loomses peremeesorganismis.
Viiruse SARS-CoV-2 genoomi molekulaarne struktuur — n-ö viiruse selgroog — meenutab kõige rohkem nahkhiirtel levivat koroonaviiruse-liiki. Osa selle struktuurist meenutab soomusloomade perekonna (ld Manidae) esindajatel leviva viiruse ülesehitust. Kui keegi oleks tahtnud laboris luua inimesi ründavat viirustüve, oleks seda tehtud inimesi nakatava viiruseliigi baasil.
Anderseni osutusel võis SARS-CoV-2 tekkida ühelainsal korral. „Võimalik, et see oli ühekordne juhtum, ülekandumine üheltainsalt loomalt üheleainsale inimesele, millest sai alguse kogu ülejäänud pandeemia,“ selgitas ta.
