Seda suurem oli allveearheoloogide vaimustus, kui Hollandi aluste vrakid 2002. aastal lõpuks merepõhjast üles leiti. Merelahingu aukoht kuulutati kaitsealuseks hauapaigaks, kuid, kui nüüd mindi seda lähemalt uurima, ilmnes, et laevavrakid on müstiliselt kaduma läinud.

On põhjust arvata, et vrakid on langenud kohalike metallivaraste saagiks, kes on vrakid ükshaaval pukseerinud Surabaya sadamasse ja seal laevad koost lammutanud. Tõendeid küll ei ole.

Vrakid asusid 60 kuni 70 meetri sügavusel saja kilomeetri kaugusel Jaava saare rannikust, ja ekspertide arvestusel oleks selliste vrakkide pinnaletõstmine eeldanud ikkagi suuroperatsiooni mitmete pargaste, ujuvkraanade ja kogenud sukeldujate kaasabil, sellist operatsiooni pole aga seni tuvastatud. Igatahes vrakkide jäljed on merepõhjas siiani nähtaval, ehk ära eksimisega tegemist ei ole. Vrakid olid seal, enam ei ole.

Võimalik, et kohalikud metallivargad on käinud lihtsalt aastate kaupa vrakkide juures sukeldumas ja tükkhaaval selle üles toonud. Vrakkide asukohas pole ka eriti metallijäänuseid näha, mis välistaks laevade õhkulaskmise teooria.

Või on tõesti merepõhja all toimuv tektooniline aktiivsus, hoovused, või tõepoolest mõni tsunami vrakid paigalt nihutanud? Jaava meri asub küll teisel pool Sumatra saart, ehk 2004. aasta hiigelsuur India ookeani tsunami sealkandis erilist purustustööd ei teinud, merepõhjas ka tsunami mõju poleks olnud nii tuntav, et vrakke liigutada.

Edasine uurimine on alles ees.

Suurim merelahing pärast 1916. aasta Jüüti lahingut

Jaava mere lahingus osales ühelt poolt kaks raskeristlejat, kolm kergeristlejat ja üheksa destroierit- hävitajat Hollandi, USA, Briti ja Austraalia merevägedest, teisalt aga kaks raskeristlejat, kaks kergeristlejat, 14 destroierit ja 10 transpordialust koos õhuvägedega Jaapani poolelt.

Jaapani jaoks oli see suur võit, nad uputasid vastaste kaks kergeristlejat ja kolm destroierit, kokku 2300 mehega, samas kui jaapanlased ise kaotasid vaid 36 inimelu. Hukkus ka liitlaste laevastikku regioonis juhtinud kontradmiral Karel Doorman.

Briti aluste HMS Electra, HMS Exeter ja HMS Encounter (need kaks uppusid teises Jaava mere lahingus paar päeva hiljem), nagu ka ligi nädal hiljem samas kohas põhja lastud USA allveelaeva USS Perch jäänuseid ei õnnestunud 2002. aastal veel leida. 2003. aastal avastatud HMS Electra vraki kallal on metallivargad aga selget rüüstetööd teinud. USS Perchi vrakk leiti meres üles 2006. aastal, selle saatusest pole praegu veel teadet. HMS Exeter ja HMS Encounter leiti üles 2007, kuid tänaseks on ka nende vrakid kadunud.