Hayabusa 2 peaks plaanide kohaselt ületama esimest Hayabusa missiooni, mis startis 2003. aastal. Kosmosesond jõudis asteroidi 25143 Itokawani 2005. aastal ja tõi kivimiproovi Maale tagasi 2010. aastal. Hayabusa 2 on planeeritud olema edukam oma eelkäijast, kuna kõiki varasema missiooni nõrku külgi on parandatud. Kivimiproovide võtmiseks vajalikku riistvara ning sondi ioonmootoreid on täiendatud.

Missiooni ajakava näeb ette saabumist asteroidi lähedusse 2018. juunis. Asteroidi pildistatakse, saadetakse selle pinnale mitu kulgurit ja kogutakse mitmeid proove. Peale selle proovib JAXA Hayabusa 2 missioonil saata asteroidiga kokku põrkama impaktori. Kui kokkupõrkest tekkinud kraater osutub ohutuks, üritatakse võtta sealt pinnaseproov. Sellist meetodit kasutas ka NASA Deep Impact missioonil. Siis saadeti impaktor kokku põrkama komeediga Tempel 1.

Hayabusa 2 missiooni eesmärkide hulgas on uurida päikesesüsteemi päritolu ja arengut ning Maa vee päritolu. Samaaegselt arendatakse Päikesesüsteemi uurimiseks vajalikku tehnoloogiat.

Asteroid 1999 JU3 kuulub nn Apollo asteroidide hulka, mille orbiidid lõikuvad Maa orbiidiga. Apollo asteroide on teada üle 5000 ning suurim neist on läbimõõduga 8.5 km. Potentsiaalselt on Apollo asteroidid Maale ohtlikud – näiteks Tšeljabinski meteoriit oli üks neist.