Üsna kiirelt peale iseseisvumist sai selgeks, et Venemaa, riik mis on tunnustanud Eesti iseseisvust, ei plaanigi oma vägesid Eestist koju kutsuda.

Vene vägede kasutuses oli üle Eesti 1565 objekti, jagunedes üle 800 asukoha vahel ning 1991. aasta alguses ligi 34 000 võõrväelast. 2014. aastal Maalehes ilmunud artikli andmetel oli 1990. ja 1991. aasta vahetusel siin 478 soomusmasinat (sealhulgas 184 lahingutanki), 21 suurtükiseadet, 10 lahingukopterit, 30 taktikalist pommitajat, 104 hävituslennukit, teadmata arv keskmaapommitajaid ja transpordilennukeid, aga ka 6646 lennukiraketti ja 1276 õhutõrjeraketti.

Algselt toodi Venemaa poolt erinevaid põhjuseid, miks vägesid välja viia ei oleks mõistlik või võimalik. 1992. aasta veebruaris nõudis Eesti vägede väljaviimist 1992. aasta lõpuks, Vene pool pakkus aastat 1997, aga ka 2002. aastat. Peale pikki diskussioone lepiti kokku 31. august 1994, tingimusel et siia jäävad sõjaväepensionärid ja nende pereliikmed.

Sõlmitud lahkumislepe pälvis aga hulganisti kriitikat. Leiti, et Eesti oli teinud liigselt järeleandmisi. Halvakspanu oli samas õigustatud, kuna leppe alla läksid ka tuhanded üsna noored mehed, kellest hulk kuulus KGB-sse nagu hiljem selgus.

Kuid siiski olid antud järeleandmised vajalikud, kuna Eesti tulevik sõltus selles küsimuses suuresti suurriikide (eesotsas USA-ga) toetusele. Venemaa oli nõus oma väed välja viima tingimusel, et sellega saavad nad G7 liikmesuse.

1992. aasta septembris alustati sõjaväe vara ülevõtmist.

Eesti oli Balti riikidest viimane, kust Vene väed lahkusid.