Kui siis Eesti 6.augustil 1940 lõplikult annekteeriti, moodustati Eesti sõjaväest Punaarmee 22. Eesti territoriaalkorpus. Auto-Tankirügement likvideeriti, tankid ja tanketid (kokku oli neid 2.novembril 1939 rivis ja ladustatult 4 rasketanki Mark V, 12 kergetanki Renault FT 17 ja 6 tanketti TKS) anti üle Punaarmeele. Isikkoosseis jagati laiali erinevate uute väeosade vahel.
Autotankirügemendi ülema septembri-oktoobri käskkirjadest on näha, kuidas järgemööda vabastati teenistusest üks osa sõdureid ja ohvitsere ning suunati teine osa erinevatesse uutesse väeosadesse – suurtükiväkke, jalaväkke, luurepataljonidesse (selle koosseisus oli ette nähtud 35 tankisti). Näiteks suunati 28. septembril Territoriaalkorpuse luurepataljonidesse 25 ohvitseri, teiste hulgas ka hiljem Saksa ja Soome sõjaväes võidelnud nooremleitnant Valdu Rannik, kapten Riho Piirsalu, leitnandid Jaak Vinni ja Hermann Mölder. Huvitav on märkida, et kurikuulus kommunist ja küüditaja Arnold Meri (tollal veel lihtne reamees) viidi üle Üksikusse Sidepataljoni.
Likvideerimisprotsess venis üsna pikale ja kummalisel kombel suunati just sel ajal väeossa ohvitseriks noor leitnant Alfons Rebane, kes jõudis Auto-tankirügemendis teenida paar kuud.
1.augustil 1940 viidi Rebane Autotankirügemendi kergetankirühma ülemaks, 19.septembril rügemendi staapi, sealt edasi 1.oktoobril uude moodustatavasse luurepataljoni soomusroodu, kust ta lõpuks 25.oktoobril sõjaväeteenistusest vabastati - kas ei olnud ta siis uute võimude jaoks piisavalt usaldusväärne või lihtsalt ei jätkunud teenistuskohti. Kui Rebane millegagi Autotankirügemendis tegelda jõudis, siis oli see ilmselt väeosa likvideerimises ja varade üleandmises osalemine.
Oma viimase käskkirja andis rügemendiülem välja 30.septembril 1940.
Siiski jäeti väike osa tankette ja soomusautosid Territoriaalkorpusele – nimelt olid mõlema diviisi koosseisus üksikud luurepataljonid, kus nad vähemalt teoreetiliselt pidid rakendust leidma. Ülejäänud tankid veeti jaanuaris-veebruaris 1941 kas Venemaale või Lätti (Daugavpilsi ja Bauskasse Punaarmee väeosadele), kus nende jäljed kaovad. Üritades asju täpsustada, siis näeme, et Venemaa Riiklikku Sõjaarhiivi jõudnud paberite järgi olevat antud Eesti territoriaalkorpusele üle 19 tanki ja 13 soomusautot, millest omakorda jõudis luurepataljonideni 6 Renault-tanki (kas mitte tanketti?) ja 8 soomusautot. Ülejäänu olevat antud “hoiule” Balti erisõjaväerindkonna ladudesse.