1980. aastate lõpus leiti arheoloogilistel uuringutel Jaani kiriku kooriruumi alt 12. sajandi teises poolest või 13. sajandi algusest pärit fragmente samal kohal asunud puitehitisest, mille lääneküljel olid matused. Nii on arvatud, et seal asus pühakoda juba enne Eesti ristiusustamist.
Esimesed teated kiriku või koguduse eksisteerimise kohta pärinevad 1323. aastast. Neli aastat hiljem määrati Jaani kirikule esimene preester.

Jaani kirik 19. sajandil.

Liivi sõjas sai kirik tõsiselt kannatada, kuid taastati. Raehärra Friedrich Konrad Gadebuschi järgi oli 1593. aastal Jaani kiriku väljaminekute loetelus tasu kellalööjatele selle eest, et nad tõrjusid jumalateenistuse ajal sigu ja koeri kiriku ukse eest kaugemale. Gadebuschilt pärineb ka fakt, et enne põhjasõda tehtud mõõtmiste järgi oli Jaani kiriku kõrgus tornitipust maapinnani 41 sülda, tipust müüritipuni 21,5 sülda. Kiriku torn kaeti plekiga 1671. aastal, sest laastukatus oli tuleohtlik. Plekksepp olevat saanud töö eest 160 riigitaalrit ja kuus vaati õlut.

Teadaolevalt sai Jaani kirik põhjasõjas koguni 37 tabamust. 19. juulil 1704, viis päeva pärast linna vallutamist, käskis feldmarssal Šeremetjev kiriku puhtamaks kasida, et tsaar Peeter I saaks seal oma lähema kaaskonnaga jutlust kuulata. Lisaks eelmainitud purustustele oli Jaani kiriku altar ja kantsel viidud Pihkvasse. Friedrich Konrad Gadebuschi andmeil oli kolmest kirikukellast kaks antud Narva kirikule, üks Tartu vene kirikule. Hiljem on Tartu raad neid korduvalt Jaani kirikule tagasi nõudnud. Tartu õhkimisel põhjasõjas hävisid 1708. aastal torni ülaosa ning kesklöövi ja kooriruumi võlvid, põlev tornikiiver kukkus kesklöövile. Varemetes Jaani kirikus polnud võimalik jumalateenistusi pidada. Kogudus hakkas koos käima küünis.

Vaade Lutsu tänavale ja Jaani kirikule 20. sajandi alguses.

1724. aastal küsis vabahärra von Taube kroonult kiriku kordategemiseks raha ning nõudis tagasi ka altarit ja kantslit. Veel samal aastal kinkis kindralkuberner kirikule oreli. 1737. aastal saadi kirikule katusekivid ja järgmisel aastal hakati taastama hävinud torniosa. 1. mail 1739. aastal paigaldati Jaani kirikule tornikuul koos kukega. 1741. aastal hakati torni plekiga katma.
1744. aastal telliti kirikule kaks ajanäitajat. 1760. aastal tegi kellassepp Christian Minnepot uued kellamehhanismid, sest kellad ei käinud täpselt. Vasksepp Brackmann meisterdas kahele uuele kellale osutid. 1. jaanuarist 1761 näitasid Jaani kiriku uued kellad linlastele jälle õiget aega.
1775. aasta suur tulekahju sai küll alguse kiriku lähedalt kodusest õlleteost linna matemaatiku Sengbuschi kodus teisel pool Rüütli tänavat, aga kirik pääses väikeste kahjustustega. Paarkümmend aastat hiljem tasandati kiriku ümber asunud kalmistu.

Aastatel 1820–1830 rekonstrueeriti kiriku interjöör arhitekt Georg Friedrich Geisti kava kohaselt, eeskujuks võeti antiiktempel ning valitsev klassitsism ja ampiir. Hävitati enamik interjööri skulptuure, ülejäänud müüriti kinni või krohviti.
Aastatel 1899–1904 restaureeriti osaliselt kiriku fassaad Riia arhitekti Wilhelm Bockslaffi juhtimisel. Välisskulptuuridelt eemaldati krohvikiht, osa hävinud skulptuure asendati koopiatega.
Ööl vastu 26. augustit 1944 pommitasid Tartust taganenud sakslased linna. Süttis ka Jaani kirik, tules lagunes müürikrohv ning paljastusid ammu unustatud keskaegsed skulptuurid.
1952. aastal otsustasid toonane Tartu linnavõim Jaani kiriku varemed lammutada. Samal aastal varises kokku kesklöövi põhjasein ehk põhja kõrgsein. Unikaalne pühakoda õnnestus küll napilt lammutamisest päästa, kuid jäi enam kui 50 aastaks varemetesse. Kõrvalkinnistule Lutsu, toona Võimla tänava äärde kerkis sõja hävinud hoonestuse asemele 1959. aastal vanalinna sobimatu kõrge kortermaja, nn hruštšovka.

Jaani kirik pärast põlengut 1944. aasta augustis.

1989. aastal algasid kirikus suuremad restaureerimistööd arhitekt Udo Tiirmaa juhtimisel. Alguses tegid töid Poola meistrid, hiljem Eesti oma firmad Soome inseneride kaasabil. Mäletan, kui 1990. aastate keskel vahetati kiriku massiivse torni alt senised pehkinud puitparved betoonvaiade vastu välja. Tundus, nagu oleksid võimsad tornimüürid õhus seisnud.
Luteri kiriku Tartu Jaani kogudus taasasutati 1997. aastal. Kaks aastat hiljem sai kirik uue tornikiivri ja paigaldati kaks uut pronksist kirikukella. Kellade nimed on Peetrus ja Paulus.
29. juunil 2005 jõuti 16 aastat kestnud restaureerimistöödega lõpule. Jaani kirik on oma täies ilus taas Tartu uhkuseks. Veel aastaid jätkub aga skulptuuride konserveerimine ja eksterjööris koopiatega asendamine.
Järgmine kord räägime Eesti vanima tegutseva kooli Gustav Adolfi Gümnaasiumi hoonete ajaloost.

Tartu Jaani kiriku sisevaade aastal 2005.