Pärast riigipöörde ebaõnnestumist avas NSV Liidu prokuratuur Pugo vastu kriminaalasja põhiseadusevastases vandenõus osalemise eest. 22. augustil 1991 läksid Pugod arreteerima Vene NFSVi KGB esimees Viktor Ivanenko, Vene NFSVi siseministri esimene asetäitja Viktor Jerin ja Vene NFSV peaprokuröri asetäitja Jevgeni Lisov. Nad võtsid tunnistajaks kaasa Vene NFSV ministrite nõukogu endise aseesimehe Grigori Javlinski. Pugo ja ta naine polnud enam selleks ajaks elavate kirjas ning ametliku versiooni järgi sooritasid nad enesetapu. Pugo naine Valentina ei surnud tegelikult kohe, vaid päev hiljem haiglas. Samas oli Javlinski sõnade järgi tema nägu „veriseks pekstud”. Javlinski märkas Pugo kodus ka teisi veidraid detaile:

Esiteks vedeles helehall püstol kenasti öökapil. Pealegi, nii nagu see seal oli, oleks Pugol olnud väga raske seda sinna asetada: nii enne kui ka pärast lasku (mis on iseenesest absurdne). Öökapp oli Pugo pea taga ja selleks, et püstol sinna panna, tuli seda teha kas üle õla või ümber pöörata. Teiseks, vedeles põrandal kolm hülssi selle püstoli salvest,” rääkis Javlinski intervjuus, mis oli antud kaks päeva pärast NSV Liidu siseministri surma.