Leping võimaldas NSVL-il asuda rajama Eestis oma sõjaväebaase ning tuua Eesti territooriumile ligi 25 000-meheline väekontingent. Peale maa- ja mereväe asusid Eesti territooriumile ka lennuväe ja merelennuväe üksused, kirjutab lennundusajaloolane Toomas Türk ajakirjas Sõdur.
Enne baaside paiknemise üle alustatud läbirääkimisi küsis NSVL-i kindralstaap oma õhujõudude staabi seisukohta tulevaste lennuüksuste võimalikust paiknemisest.
Lennuvägi pakkus paiknemiskohtadena välja senised Eesti lennuväe asukohad – sõjaväelennuväljad Tallinnas, Tartus ja Rakveres.
Läbirääkimistel muidugi sellist tulemust saavutada ei olnud võimalik, aga midagi targemat Tööliste ja Talupoegade Punaarmee (TTPA) õhujõudude juhtkonnal ka välja pakkuda ei olnud.
30. septembril NSVL-i kaitserahvakomissar Kliment Vorošilovi Leningradi Sõjaväeringkonna (LSR) sõjanõukogule saadetud sõjaväeliste läbirääkimiste komisjoni moodustamise ning läbirääkimiste juhtnöörides kästi lennuväe paigutamisel arvestada järgmiste vajadustega:
- üks hävitus-lennuväepolk – Saaremaal ja Hiiumaal;
- üks hävitus-lennuväepolk – Viljandi, Valga piirkonnas;
- üks polk SB pommituslennukeid – Haapsalu, Pärnu piirkonnas;
- üks polk SB pommituslennukeid – Paide piirkonnas.
Ka mitu maaväeüksust sooviti nende juhtnööride järgi paigutada väljapoole baaside lepingus kokkulepitud rajoone – Saaremaale, Hiiumaale ja Paldiski ümbrusse. Eesti pool protestis ning saadik Moskvas August Rei käis peaminister Vjatšeslav Molotovi jutul, et delegatsioonile antaks lepingule vastavad ülesanded.
Kuid tulemus oli vaid see, et loobuti kaugemaist punktidest – Paidest, Pärnust, Viljandist ja Valgast. Mõned väeosad tuli aga ikkagi lubada paigutada väljapoole lepingus mainitud rajoone.
10. oktoobril allkirjastati Tallinnas protokoll, mille järgi Nõukogude Liit võis paigutada Paldiski piirkonda ühe hävitus- ja ühe pommitus-lennuväepolgu, Haapsalu piirkonda lennuväebrigaadi juhatuse ja ühe pommitus-lennuväepolgu ning Saaremaale ühe hävitus-lennuväepolgu. Samuti lubati NSVL-il väljaspool neid maa-alasid rajada operatiiv- ja õppelennuvälju ning tagalabaase, kus lennuüksused alaliselt ei paikneks.
Koos oktoobris Eestisse toodud maaväeüksustega saabus ka LSR õhujõudude spetsialistide komando, kes uuris 16.–30. oktoobril kokku 33 asukohta lennuüksuste paigutamiseks. Ringsõidud valmistati ette koos Eesti sõjaministeeriumi esindajatega ning viimased olevat meelega valinud välja lennuväljadeks täiesti sobimatuid asukohti.
Lõpuks olid venelased sunnitud ise kaardi järgi võimalikke sobivaid kohti valima hakkama ning sinna väljasõite nõudma. Nii suudeti välja valida kaheksa asukohta, kuhu oleks võinud lennuvälju rajada 1939. a sügisel ning veel viis asukohta, kus oleks saanud ehitust alustada 1940. aastal.
Tegelikkuses Eesti pool lihtsalt arvestas asukohtade valimisel rohkemate asjaoludega, kui vaid platsi sobivus lennuväljaks. NSVL-i väeüksusi sooviti hoida võimalikult lähestikku, ühtsetes baseerumisrajoonides.
Samuti sooviti hoida need eemal suurematest asulatest ning maade eraldamisel hinnati ka nende väärtust ja maaeralduse sotsiaalset ning majanduslikku mõju. Põllumaid ei eraldatud, eriti Saare- ja Hiiumaal, kus hea põllumaa oli hinnas. Pigem eelistati heina- ja karjamaid ja muid vähem väärtuslikke maatükke.
Samuti ei tahetud lõhkuda elujõulisi talusid nii, et järele jäänud maalapil ei oleks olnud võimalik ära elada. Protsessi käigus olid mõlemad pooled sunnitud tegema järeleandmisi, mistõttu ei saavutanud ka Eesti pool alati kõiki seatud eesmärke.
Vabariigi valitsuse otsusega eraldati 21. novembril 1939 NSVL-i õhujõududele lennuväljade ehitamiseks maa-alad seitsmes kohas.
Laoküla ja Klooga pidid saama Paldiski rajooni paikneda lubatud üksuste lennuväljadeks, Ungru Haapsalu lähedal ja Sinalepa umbes 14 km Haapsalust lõunas Haapsalu rajooni lennuväljadeks ning Kuusiku ja Kehtna operatiivlennuväljadeks väljaspool tavalisi paiknemisrajoone.
Kuressaare lähistel anti seal äsjavalminud tsiviillennuväli ajutiseks kasutamiseks, kuni Saaremaale kavandatud mereväebaaside asukohtade lõpliku selgumiseni.