Tartu Ülikooli arvutiteadlased aitavad kokku viia kolme maailmajao inimeste geeniandmed
18 teadusorganisatsiooni alustavad ühisprojekti, millega jagatakse teadlaste vahel esmakordselt üle miljoni Aafrika, Kanada ja Euroopa geeniandmed. Geeniandmete analüüsiks hakatakse kasutama Tartu Ülikooli teadlaste loodavaid tööriistu.
Projekti „CINECA“ (Common Infrastructure for National Cohorts in Europe, Canada and Africa) raames loovad teadlased pilvepõhise andmete kogumise võrgustiku, mis aitab volitatud teadlastel ligi pääseda kokku 1,4 miljoni inimese geeniandmetele. Projekt aitab kiirendada haiguste uurimist, ravimite avastamist ja arendamist. Selline koostöö kolme maailmajao vahel on esmakordne.
Tartu Ülikooli teadlastest on projekti kaasatud arvutiteaduste instituudi juhataja ja bioinformaatika professor Jaak Vilo, bioinformaatika vanemteadur Hedi Peterson ning bioinformaatika teadur Kaur Alasoo. Nende ülesandeks on tehniliste tööriistade loomine, mis võimaldab andmete analüüsi ilma neid koondamata. „Eesmärk on, et analüüsijuhised saaks viia andmete juurde. See on vajalik, kuna alati ei ole võimalik kõiki andmeid koondada logistilistel ja eetilistel põhjustel või turvakaalutlustel,“ selgitas Alasoo.
Lisaks hakkavad ülikooli arvutiteadlased otsima lahendust, kuidas kindlaks teha, mis tüüpi andmeid üldse erinevates andmekogudes olemas on. Näiteks võimaldaks TÜ teadlaste kaasabil loodud süsteem ELIXIR Beacon üles leida haruldaste geenivariantide kandjad. „Kui näiteks Eestist leitakse haruldase geneetilise variandi kandja, mis võib põhjustada mingi haiguse, siis selle süsteemi abil on võimalik uurida, kas mujal maailmas on veel inimesi, kellel on sama geneetiline variant ja kas neil on sama haigus,“ kirjeldas Alasoo võimalikku stsenaariumit.
Projekti „CINECA“ tulemusel loodud tööriistad võimaldavad päringuid teha lihtsamalt ja kiiremini. Samuti tagab projekt andmete konfidentsiaalsuse ja ainult eesmärgipärase kasutamise. Projekt toetab personaalmeditsiini arengut, et iga patsienti saaks ravida vastavalt tema DNA iseärasustele. Kuna iga geneetilise variandi mõju mõne haiguse tekkimisele on väike, siis on vaja nende mõjude täpseks hindamiseks väga suuri riikideüleseid andmestikke.
Projekti „CINECA“ juhib Euroopa molekulaarbioloogia labori bioinformaatika instituut (EMBL-EBI) ja seda rahastatakse Euroopa Liidu teadusuuringute ja innovatsiooni raamprogrammist Horisont 2020.
