Tänasele Viljandi Jaani kirikule eelnes väike kirik, mille renoveeritud kooriruumi kaarjas osa on praegu nähtav kiriku alatariruumi all krüptis. Püha Franciscuse (frantsisklaste) ordu reformitud haru (observandid) ehitasid selle kiriku asemele kloostrikiriku. Jaani kiriku hoone rajati seda pikalt uurinud kunstiajaloolase Kaur Alttoa andmetel ajavahemikus 1466-1472.
Viljandi frantsisklaste klooster oli kokku ehitatud kiriku põhjamüüriga ning oli arvatavasti kahekorruseline. Kogu kloostri klausuuri kolm tiiba, mõõtmetega 51,5 x 26,5-29,0 meetrit paiknesid ümber ristikäiguga piiratud siseõue (22,0x12,0 meetrit).
Frantsisklaste ordu ideaalid olid kasinus ja ülev lihtsus, millest lähtuvalt pidi kirik olema tagasihoidlik ja võlvimata. Ka Jaani kirikus ei olnud võlve. Pikihoone sisemõõtmed on 28,0-28,67 x 11,75-12,5 meetrit. Munkade kabeliks olnud ühelööviline kooriruum sai kerjusmunkadele iseloomulikult pikk. Koori ebaharilik asümmeetrilisus on tingitud arvatavasti ehitusperioodil olemasolnud naaberhoonetest. Veidi ebakorrapärane on ka pikihoone.
Kuna pühakoda asus vahetult linnamüüri ääres, vajas see müürilõik kaitset. Nii sai kirik läänetorni. See oli nähtavasti kompromiss ordureeglitega, viimane ei pidanud kirikutorne soovitavaks, kuid Viljandis lähtuti tõenäoliselt linna kaitsevajadustest.
Keskaegsed on ka kiriku põhjaseina ukseavad, lame kaaristu ning selle läänepoolne aken, samuti altariruumi kaunid kaaristud ja orvad.
Frantsisklaste kloostri tegevuse lõpetas reformatsiooni käigus usku vahetanud Viljandi komtuur Wilhelm von Fürstenberg 1559. aastal. Ta sekulariseeris kloostri maad ja kinnisvarad. Mungad lahkusid järgmisel aastal.
Suvel 1560 saabusid Viljandi alla Vene väed vürst Kurbski juhtimisel. Pärast pikemat piiramist vallutasid venelased 20. augustil linna ning 21. augustil alistus ka Viljandi ordulinnus. Selle piiramise käigus purustati ka klooster.
1582. aasta Jam Zapolski vaherahu põhjal lahkusid venelased Viljandist ja linn läks katoliiklastest poolakate kätte, kes hakkasid taastama linna ja kihelkonna usuelu. Aastail 1600-1624 oli Viljandi Poola-Rootsi vaheliste sõdade keerises ning lahingud muutsid linna ja linnuse rusuhunnikuks. Lõpuks võitsid rootslased. Alustati endise kloostrikiriku taastamist Viljandi kihelkonna protestantlikule kogudusele.
Taas sai Jaani kirik kannatada Põhjasõjas, kui Vene väed aastatel 1703 ja 1707 linna rüüstasid. Kiriku taastamine algas 18. sajandi teisel poolel, kui pühakoda sai kõrge, vahegaleriiga barokse tornikiivri. Kirik põles aga taas aastal 1811, misjärel rajati neli aastat hiljem praegune hilisbarokne tornikiiver. Jaani kirik jäi aga õige pea linna- ja maakogudusele kitsaks ning kavandati ehitada uus kirik. Viljandi kihelkonna maakogudusele ehitati aastatel 1863-1866 Pauluse kirik.
Jaani kirik ja kogudus elasid üle kõik järgnevad võimuvahetused, kuni nõukogude võim otsustas koguduse sulgeda ja kiriku ülevõtta. Viljandi praost Alfred Tooming võttis 2. detsembril 1952 vastu Jaani kiriku inventari üleandmiseks teistele kogudustele.
Kiriku varad ja sisustus päästeti aga hävingust ning jaotati mitme Eesti kiriku vahel. Kirikuhoone muudeti kaubalaoks. Kiriku uus haldaja soovis ehitada ladu kahekordseks. Selle soovi teostumisel oleks raudbetoonist vahelae lammutamine olnud hiljem tehniliselt väga kulukas. Vastavat luba siiski õnneks ei antud. Küll sadas aga katus läbi ja kirik hakkas lagunema.
Jaani kiriku kui keskaegse arhitektuurimälestise päästmiseks alustati 1980. aastail hoone rekonstrueerimist kontserdisaaliks. Arheoloogilisi uurimistöid aastail 1980-1981 juhatas Urmas Selirand, siis avati osaliselt kloostri müürid kiriku põhjaseina ääres. Arheoloogilisi kaevamisi kiriku sees juhatasid aga aastatel 1986-1988 Kaur Alttoa ning Jaan Tamm.
Kirikule vajalike vee-, kanalisatsiooni- ja soojatrasside kaevetööde käigus kiriku lääne- ja lõunaseina ääres tehti aastail 1989-1991 ka arheoloogilised uurimistööd. Töid juhatanud
Heiki Valk selgitas toona välja, et arvatavasti 13. sajandi lõpul ehitati kirik, mille osa müürist on säilinud Jaani kiriku krüptis. Samuti rajati kiriku kõrvale kalmistu, mis oli kasutusel kuni 18. sajandi teise pooleni.
Samal ajal arheoloogiliste uuringutega koostati restaureerimis- ja rekonstrueerimisprojektid. Kiriku kavandasid arhitekt Merle Kinks ja kunstiajaloolane Kaur Alttoa. Sisekujunduse tegi Ene Odraks, Saaremaa dolomiidist altari kavandas Aivar Oja.
Restaureeriti torn, katus ja lagi. Rajati raudbetoonist keldrikorrus esinejate riietehoiu ja abiruumide tarvis. Kuigi oli veel nõukogude aeg, tunnetasid kiriku taastajad, et sellesse hoonesse tuleb taas kirik. Ajalugu nii tahtiski.
EELK Viljandi Jaani kogudus taastati 1991. aastal. Esimene jumalateenistus peeti pärast 40 aastat kestnud vaheaega jõululaupäeval 1991. Uue elu saanud vana kirik pühitseti taas evangelist Johannese päeval 27. detsembril 1992.
Nii seisab Jaani kirik täna ainukese säilinud osana Viljandi keskaegsest kloostrist. Kiriku juures seistes on vaja head fantaasiat, et kujutada ette sellest kunagi vanalinna poole jäänud kloostri konvendihoonet.
Artikli koostamisel on kasutatud Viljandi Jaani koguduse materjale ning Jaan Tamme raamatut “Eesti keskaegsed kloostrid” (2002).
Järgmisel korral räägime Pada mõisa ajaloost.
