Novembris 1945 tuli lahendada operatsioon Magic Carpet (e k võluvaip), ehk aidata toimetada kaugel sõjatandril viibinud ameeriklased pidulikult koju tagasi.
saabus
seega suurte juubelduste saatel 28. jaanuaril 1946. Kuid nüüd ootas laeva ees juba uus ülesanne.
laguuni koondati juuli alguseks 1946 kokku 95 alusest koosnenud laevastik, mis pandi sinna ankrusse ja kõik meeskonnad evakueeriti.

Oli alanud operatsioon Crossroads (e k risttee), mis kujutas endast esimesi tuumakatseid pärast Hiroshima ja Nagasaki tuumalööke. Taheti testida 23-kilotonniste tuumapommide mõju sõjalaevadele. Mõistagi valiti välja sõja lõpus maha kantavad alused, nagu ka USS Independence,  või siis sõjasaagiks saadud Jaapani ja Saksa sõjalaevad.

Esimene test, koodnimega Able, hüüdnimega Gilda, kujutas endast 1. juulil 1946 tuumapommi plahvatama panekut 158 meetri kõrgusel õhus laevastiku kohal. Kuna plahvatus leidis aset siiski 649 meetrit kavandatud kohast eemal, jäi osa testlaevastikust puutumata, põhja läksid 45-700 meetri raadiuses olnud viis alust: kaks transpordilaeva, kaks USA destroierit ja üks Jaapani ristleja. Veel 15 laeva, sh plahvatusest ligi 500 meetri kaugusel olnud USS Independence, said tugevaid kahjustusi, kuid jäid pinnale.

Teine test tehti 25. juulil, koodnimega Baker pandi plahvatama pomm, hüüdnimega Helen of Bikini, sedapuhku 27 meetrit vee all. Nüüd läks põhja üheksa laeva, sh kolm allveelaeva, lennukikandja Saratoga ja Jaapani lahinglaev Nagato. USS Independence oli seekord epitsentrist oluliselt kaugemal ja jäi enamvähem terveks, kuid nüüd oli enamik testimisel kasutatud laevadest niivõrd saastatud, et järgmisest testist 1947. aastal tuli loobuda.

Kolm alust olid siiski veel puhastatavad ja nad said laevastiku teenistusse naasta. Allveelaev USS Skipjack, mis oli teisel testil uppunud, tõsteti ainsana aga pinnale ja uputati hiljem California esisel. Mõlemad plahvatused üle elanud Saksa raskeristleja Prinz Eugen pukseeriti Kwajaleini atollile, kuid laev oli liiga radioaktiivne, et temaga oleks võinud üldse midagi ette võtta. Sinna, madalasse vette ta ka 1946. aasta detsembris uppus, ahtri tipp on siiani merepinnal nähtav.

USS Independence oli kandnud tugevaid vigastusi, kuid ta pukseeriti Pearl Harbori ja sealt tagasi San Francisco esisele. Laevaga polnud muud teha, kui, et ta laaditi tuumajäätmeid täis, viidi veidi kaugemale Faralloni saarestikku ja uputati 1951. aastal, nüüd juba sihilikult. Paraku kutsus ta ühtlasi esile ka keskkonnakatastroofi merepõhjas, teame me takkajärgi.

Vrakk lebab ligi 800 meetri sügavusel, tema asukoht tuvastati uuesti 2009. aastal ja nüüd, 2015. aasta märtsis saatis USA rahvuslik ookeani- ja atmosfääriadministratsioon (NOAA) selle seisundit uurima Boeingu tehastes ehitatud allveeroboti Echo Rangeri.

Echo Ranger tootis kolmedimensioonilist sonaripilti, et näha suure aluse seisundit 64 aastat hiljem.  Ilmnes, et USS Independence on põhjas püsti, veidi küll tüürpoordi poole kaldu, nagu oleks siiani valmis lennukeid teele saatma. Isegi üks lennukivare paistis pardal alles olevat.

Radiatsiooni küll enam ei tuvastatud. NOAA luges laeva asja sellega ka ammendatuks, seda merepõhjast üles tuua keegi ei kavatse.