Hieroglüüfide kasutamine levis, kuigi tasapisi kujunes välja oma erinev kiri kõrgematel klassidel ja alamrahval, ja antiikajaks hakkas see kiri juba järjest hääbuma, viimatine hieroglüüfides kirjutatud tahvel pärineb aastast 394 m.a.j, kui keiser Theodosius oli juba asunud mittekristlikke templeid likvideerima.

Selleks ajaks oli selle kirja tundmine nii palju hääbunud, et tuli hakata juba otsima uusi meetodeid iidsete kirjade lugemiseks. Horapollo 5. sajandil koostatud Hieroglyphicas suudeti dešifreerida 189 hieroglüüfi. Temal oli veel kasutada ka allikaid, kes oskasid vähemalt osaliselt seda kirja lugeda, kuid paljude järeldustega läks ta juba rappa. Ja tema tekst avastati alles 1419. aastal Androse saarelt ja toimetati uurimiseks Firenzesse. 18. sajandil taheti kangesti tõestada, et tegemist on võltsinguga, aga tänaseks on siiski lepitud faktiga - tegemist oli esimese tõsise katsega vanade hiroglüüfide tähenduseni jõuda.

9. ja 10. sajandil seisid Araabia ajaloolased Dhul-Nun al-Misri ja Ibn Wahshiyya palju raskema probleemiga silmitsi, nemad pidid hakkama neid kirju dešifreerima nullist peale. Ja ka Athanasius Kircher, kes 17. sajandil just nende teoseid kasutades omakorda pähkli kallal pead murdma hakkas, ei jõudnud palju lähemale selgusele.

Tõsisem läbimurre saabus alles aastal 1799, kui Napoleon Bonaparte'i sõjakäigul Egiptusesse avastati nn Rosetta kivi - kus oli tekst (aastast 196 e.m.a.) kirjutatud kõrvuti kolmes kirjas - kreeka tähestikku, muinas-Egiptuse hieroglüüfe ja nende rahvalikumat vormi kasutades. Lõplikult suutis hieroglüüfide saladuse lahti muukida Jean-François Champollion 1820. aastateks.

.

Tänapäeval on heiroglüüfe küll leitud lugematutelt muinasmälestistelt, aga mõned neist on säilinud ka koptide tähestikus ja muidugi, on muinas-Egiptuse hieroglüüfid olnud ka kaudseks eeskujuks Euroopa tähestike kujunemisel.