Mary oli salakirjadega varemgi tähelepanu äratanud, kuna just Šotimaal üritati 20 aastat varem  nende najal tõestada, et ta olevat tapnud oma abikaasa Darnley lordi Henry Stuarti. Mary väitis, et kirjad on võltsitud.

Babingtoni vandenõu oli aga juba selgelt sohk, kuna Inglismaa luureteenistuse juht Francis Walsingham mõjutas topeltagente kasutades noort Anthony Babingtoni kirjutama  krüpteeritud salakirja kuninganna Maryle, mis justkui pärines teda vabastada tahtvatelt katoliiklastelt. Juhtus see 7. juulil 1586. Kirjas olid väidetavalt esinenud sõnad "kukuta see usurpaator" ja "võta ette see traagiline hukkamine". Vihjati nagu Hispaania laevastik olevat valmis teda päästma, vaja vaid põgenema pääseda.

Mary saatis pahaaimamatult teise kirja vastu, käskides loobuda Elizabeth I mõrvaplaanidest, teatas, et ei taha Inglismaa trooni ja vihjas, et kui vaja, pääseks ta ka kergesti põgenema. Vangis hoiti teda Jersey kuberneri Sir Amyas Paulet lossis, nimega Chartley Hall Staffordshire'is.

Õnnetuseks tehti just Babingtonist seejärel peamine vandenõulane, kes hukati (koos 13 väidetava kaasosalisega) süüdistatuna mõrvaplaanides kuninganna Elizabeth I vastu. Walsingham jätkas võltsingute tootmist ka kohtuprotsesi ajal, millega endine Šotimaa kuninganna mõisteti süüdi vandenõus Inglismaa kuninganna vastu. Mary oli ka õigusjärgne pretendent Inglismaa troonile, kui Elizabeth I ta 8. veebruaril 1587 Fotheringhays timukakirve alla saatis.

Paraku, 1603. aastal, kui Elizabeth I pärijateta suri, päris Inglismaa trooni just Mary poeg James I (kes oli 1567. aastast olnud ka Šotimaa kuningas James VI). Vandenõu Mary vastu paljastati, ja ka algsed süütõendid Mary vastu nähtavasti hävitati.