1558. aastal alanud Vene-Liivimaa sõda purustas siinsed keskaegsed riigid ning peagi haarati tänapäeva Eesti ja Läti ala Moskva, Taani, Poola-Leedu ning Rootsi omavahelisse võitlusse ülemvõimu pärast Läänemerel ja selle ümbruses. Sõdade käigus jagati siinne maa korduvalt eri valitsejate vahel ümber, kuni lõpuks väljus neist võitlustest võitjana Rootsi. Peale sõdade käsitletakse raamatus Eesti- ja Liivimaa poliitilist, halduslikku, õigus- ja majandusajalugu.

Eesti ajaloo seisukohalt on kesksed teemad veel mõisa- ja talumajandus ning eesti talurahva pärisorjuslik olukord. Omaette osa moodustab vaimuelu kiriku, hariduse, kirjasõna ja eesti kirjakeele ajalooga. Sündmuste ajaloo kaudu on näidatud, kuidas ning millistel tingimustel Eesti ala kuulus Vene, Taani, Poola-Leedu ja Rootsi riigi koosseisu, millised olid kõnealuste maade ja provintside vastastikused suhted ning milline oli allutatud territooriumi tähendus ühele või teisele riigile.

President Lennart Meri algatatud teosest on varem ilmunud II, IV, V ja VI köide. „Eesti ajaloo“ kolmanda köite koostaja ja peatoimetaja on Enn Küng ning kaastoimetaja Marten Seppel. Lisaks neile kirjutavad raamatus Margus Laidre, Ivar Leimus, Aivar Põldvee, Anti Selart, Kai Tafenau, Ülle Tarkiainen ja Enn Tarvel.