Teadlased muukisid lahti hariliku kanepi genoomi
Eelmisel nädalal saavutati DNA sekveneerimises uus tase: avalikuks tehti hariliku kanepi Cannabis sativa genoom. Töötlemata geenijada laadis Amazoni avalikku pilv-andmetöötluskeskkonda EC2 üles nooruke ettevõte Medicinal Genomics, mis on võtnud endale ülesandeks uurida ravimtaimede genoome.
Seni on firma avaldanud vaid analüüsimata jadatõmmiseid — mis tähendab, et enam kui 131 miljardit juhuslikul e „jahipüssi-meetodil“ (ingl shotgun sequencing) sekveneeritud aluspaari pole veel läbinud olulist ja töömahukat protsessi, mille käigus need pikkadesse ja pidevatesse lõikudesse kokku kogutakse. Seni on DNA-jada killustatud sadadeks tuhandeteks pisilõikudeks. Ent ettevõtte Medicinal Genomics asutaja Kevin McKerman kinnitab, et C. sativa genoomi suurus peaks küündima umbes 400 miljoni aluspaarini — olles seega kolm korda suurem näiteks levinud umbrohu, hariliku müürlooga Arabidopsis thaliana genoomist, vahendab Nature.com.
Taime DNA ekstraheeriti ja valmistati sekveneerimiseks ette ühes Amsterdami laboratooriumis.
McKerman ütles, et mõte kanepi genoom järjestada tekkis tal pärast ajakirja Nature Reviews Cancer ühe 2003. aasta numbri lugemist, kus kirjutati kannabinoidide ohtratest paljulubavatest kasutusaladest meditsiinis, muu hulgas ka võitluses vähktõvega. Harilik kanep toodab umbes 60 neist ühenditest. Ehkki kõige rohkem tähelepanu on pälvinud psühhoaktiivne kannabinoid THC, loodab McKernan, et tema ettevõtte kogutud andmed aitavad teadlastel uurida ka kanepi muid koostisühendeid ning võimalik, et tulevikus suunata aretusprogramme uute ravikanepisortide loomiseks.
Ettevõte on lubanud teha genoomi annotatsioonid (bioloogilise informatsiooni) järgmisel sügisel kättesaadavaks ka spetsiaalse iPadi rakenduse kaudu.
McKernanit on ajendanud ka kasvav meditsiinilise kanepi turg, mis tema osutusel paisub praegu rohkem kui 50 protsendi võrra aastas. „Sellest peab kujunema üsna põhjalikult reguleeritud turg,“ leiab ta, „ning vastav regulatsioon hakkab toimuma geneetika ning lubatud sortide „sõrmejäljestamise“ (ingl fingerprinting) toel.“
Jälgi Forte uudiseid ka Twitteris!