Microsofti asepresidendi Craig Mundie sõnul ohustab Linuxi avatud lähtekood tarkvaratootjate intellektuaalset omandit. Mundie väitel tekitab programmide lähtekoodide avalikustamine turvariske ja õõnestab tarkvaratööstuse aluseid.

Lisaks sellele ei sobi avatud lähtekoodiga programmid kokku teiste programmidega ja sellised infosüsteemid on ebastabiilsed, väitis New Yorgi ülikoolis esinenud Mundie.

Linuxi toetajate väitel on intellektuaalse omandi kaitse täielikult tagatud ka avatud lähtekoodi puhul ning Microsofti süüdistused alusetud.

Avatud lähtekoodiga programmid on viimastel aastatel tõusnud Microsofti peamisteks konkurentideks. Microsofti enda operatsioonisüsteemide nagu näiteks Windows lähtekoodid on kaitstud ja süsteem on tasuline.

Mitmed suured arvutifirmad nagu IBM ja Oracle on Linuxi operatsioonisüsteemi vastuvõetavaks tunnistanud.