Kohe pärast antibiootikumide kasutuselevõttu meditsiinis nähti ka resistentsete bakterite teket. Tüüpiliselt kulub antibiootikumi turulejõudmisest kliinilise resistentsuse kirjeldamiseni 5–10 aastat. Esialgu ei peetud seda probleemiks, kuna resistentsuse tase oli madal ning uusi ja tõhusaid ravimeid avastati pidevalt juurde. Olukorra kriitilisust hakati tajuma 1980. aastate teisel poolel, mil paljude patogeenide resistentsuse tase kerkis hüppeliselt. Lisaks hakkas levima multiresistentsus, mille puhul mikroobi genoom sisaldab mitmeid resistentsusgeene.