Ajakirja Nature võrguväljaanne avaldas artikli, milles USA-s Massachusettsis asuva Cambridge Whitehead instituudi teadlased Jennifer Hughes ja David Page teatasid šimpansi Y-kromosoomi järjestuse määramisest. 2003. aastal dekodeerisid Page ja ta kolleegid inimese Y kromosoomi järjestuse. Nõnda on esimest korda võimalik jälgida Y-kromosoomi evolutsioonilist ajalugu.

Sugukromosoomid arenesid välja 200 - 300 miljoni aasta eest, šimpansi ja inimese ühine eellane elas umbes kuue miljoni aasta eest. Siis läksid teed lahku.

Selle aja jooksul toimunud evolutsioon on kahe liigi DNA-sse tekitanud ainult üheprotsendilise erinevuse. Ent Y-kromosoomid erinevad DNA poolest tervelt 30 protsendi võrra. See tähendab, et need kromosoomid muutuvad kiiremini kui ülejäänud genoom. Šimpansi Y-kromosoom on geene kaotanud, inimese oma aga juurde saanud.

Y-kromosoom kannab geeni, mis määrab, et sünnib poiss. Poiste rakkudes on üks Y- ja üks X- kromosoom, tüdrukutel aga kaks X-kromosoomi. Ülejäänud 22 kromosoomide paari, millesse inimese genoom on pakitud, on mõlemal sool samad.

Y-kromosoomi kiire evolutsiooniline muutus ei tähenda seda, et mehed arenevad naistest kiiremini. Selle kromosoomi innovatsioon tundub kajastuvat mujal inimese genoomis.

Šimpansist arvatakse, et tema Y-kromosoom on kiiremini muutunud, kuna emane paaritub innaajal rühma kõigi isastega, nii et eri isaste seemnerakud võistlevad üksteisega. Paljud seemnerakkude tootmist suunavad geenid asuvad Y-kromosoomis. Nende mutatsioonid võivad paljunemist soodustada. Teadlased spekuleerivad, et samalaadne olukord oli ka varajase inimese puhul ja võibolla kestab see siiamaani.

Võib olla ka nii, et looduslik valik näeb nii inimese kui šimpansi Y-kromosoomi ühtse üksusena, nõnda et selle ühe geeni muutus mõjutab kõigi geenide ellujäämist. Teistel kromosoomidel on valik fokusseeritud individuaalsetele geenidele, sest enne munaraku ja seemneraku tekkimist tehakse isalt ja emalt pärit kromosoomide tükikeste vahel vahetuskaupa. See kaup on X-ja Y-kromosoomide vahel keelatud.

Algselt oli Y-kromosoomil sama geenide hulk nagu X-kromosoomil, kuid enamik X-ga seonduvaid geene kadus viimase 200 miljoni aasta jooksul.

Y-kromosoomi dekodeerimine oli eriti raske, sest see kromosoom on täis palindroome — DNA lõike, mille järjestus on nii ettepoole kui tahapoole lugedes sama — ja korduvaid järjestusi, mis ajavad dekodeerivad seadmed segadusse. Tulemuse saamiseks läks inimese Y-kromosoomi puhul 13 aastat, šimpansi puhul kaheksa aastat.

Samalaadne Y-kromosoomi kiire evolutsioneerumine avastati äsja ka äädikakärbsel.