Pärast seda, kui abistatud enesetappu sooritada sooviv inimene on esitanud abistavale ühingule kogu vajaliku dokumentatsiooni, saanud rohelise tule ning ka eutanaasiat lubavasse riiki kohale reisinud, jääb üle veel sooritada meditsiiniline protseduur ise.

Valdav osa nii Šveitsi kui ka teiste riikide eutanaasiaühingutest kasutab abistatud enesetappude läbi viimiseks pentobarbitaal-naatriumi. Tegemist on raskesti kättesaadava tugeva rahustiga, mis suurtes doosides põhjustab inimestel südamelihase seiskumise.

Sama kemikaali kasutatakse ka näiteks kunstliku kooma esile kutsumiseks, loomade "magama panemiseks" ja surmanuhtluste täide viimiseks. Varasemalt oli ravim kasutusel unerohuna, kuid surmavate üledooside suure hulga tõttu lõpetati selle kasutamine peagi. Muuhulgas peetakse sama rahusti üledoosi ka näiteks Merilyn Monroe surma põhjuseks.

Eutanaasia läbi viimiseks pentobarbitaali abil on kaks laiemalt levinud varianti. Üks võimalus pentobarbitaali sisse võtmiseks on lahjendada see veega ning tekkiv lahus sisse juua. Selle tulemusel peaks patsient paari minuti jooksul magama jääma ning valutult surema. Kuna tegemist on väga aluselise lahusega, võib patsient vaid neelates tunda kerget kõrvetustunnet, kuid üldiselt on tegemist valutu protseduuriga.

Teine lahendus, pentobarbitaali manustamiseks on selle veeni tilgutamine. Tilgutisüsteemi nõela ühendab patsiendile veeni arst, kogu protseduuri juhib aga patsient - tilguti ventiil tuleb avada ise ilma kõrvalise abita. Ventiili avamisest suremiseni ei lähe palju aega, keskmiselt umbes 20-30 sekundit.

Mõlemal juhul filmitakse enne protseduuri ka lühike videolõik, milles patsient peab kas ütlema või muul viisil kinnitama (näiteks peanoogutusega) enda nime, sünniaja ning oma soovi. Seda kasutatakse tõendina, et patsient lõpetas elu oma soovil.