Geeniuuring võimaldab määrata eestlase kodumaakonna
Umbes 80-protsendise täpsusega on võimalik geenide põhjal täppi panna Eesti inimese kodumaakond, ütles Tartu ülikooli Eesti geenivaramu direktor ja biotehnoloogia professor Andres Metspalu, kirjutab Novaator.
Esimene eurooplaste geenide analüüsi põhjal koostatud kaart ilmus möödunud sügisel ajakirjas Nature. Ligi 3000 inimese geeniproovide põhjal tehtud võrdlus näitas, et inimese päritolumaa on võimalik geenivariantide võrdlemise abil kindlaks teha umbes mõnesajakilomeetrise veaga.
Kuid Eestist pärit andmeid polnud selles analüüsis üldse kasutatud ning Ida-Euroopa riigid olid suuresti katmata.
Kuid Metspalu huvitas, kuidas Eestis geenivaramusse kogutud andmed suhestuvad teiste Euroopa riikide biopankade andmetega. Nii palus ta ligi paarikümne riigi biopankadest analüüsimiseks proove, et saada esmalt vastus küsimusele, kui erinevad on eestlaste geenid võrreldes teiste Euroopa riikide rahvaste geenidega.
Kas võrdlus peab paika?
„Erinevate haiguste geneetilist tausta uurides on oluline võrrelda, kui palju esineb sama haigusega seotud markerit tervetest inimestest koosneval võrdlusrühmal,” ütleb ta.
„Kui me võrdleme Saksamaalt Baierist pärit inimeste geene ja eestlasi, siis esmalt tuleb selgeks saada, kui erinevad need geenid juba loomulikult on ning seejärel saab hakata võrdlema haigeid ja terveid.”
Doktorandid Mari Nelis, Tõnu Esko ja Reedik Mägi tegid ajakirjas PLOS ONE ilmunud artikli aluseks olnud statistilise analüüsi, milles kõrvutati ligi paarikümnest riigist pärit ligi 3000 geenidoonorilt võetud proovide andmeid ning võrreldi neis 270 000 markeri esinemissagedust.
„Pärast viimast jääaega hakati lõuna poolt liikuma põhjapoole ning Euroopas on selgelt näha geenigradient põhjast lõunasse ja edelast loodesse,” ütleb Metspalu.
Kolmnurkne Euroopa
Kui Euroopa riikide analüüsi andmed kanti kaardile kanti, siis moodustus kolmnurk, mille üheks nurgaks on Soome, teises nurgas Balti riigid ja Poola ning kolmas nurk on Itaalia.
Metspalu sõnul on geenivarieeruvuste põhjuseks suuresti immuunsüsteem. Põhjas on erinevad keskkonnatingimused, toit ja putukad. Ilmselt on Põhja-Euroopas piim olnud kunagi äärmiselt oluline toiduaine, seetõttu on põhjariikides rohkem neid kes taluvad piimasuhkrut, laktoosi. Samuti on erinevad geenid, mis määravad ära nahapigmendi.
Kui Euroopa puhul joonistus selge kolmnurk, siis Eesti geenivaramust pärit tuhande doonori andmete analüüsi kaardile kandes joonistus üsna selgelt välja võrgustik, mis viitas sellele, millistest maakondadest on inimene pärit.
Metspalu sõnul on siin põhjuseks paiksus — eestlased on põlvkondade kaupa elanud ühes ja samas paigas.
Metspalu sõnul on neid geenivaramu andmeid kasutades võimalik kokku panna suuremaid perestruktuure, kus on levinud samad haigused.
Täiesti täpne see siiski ei ole. Nii on geenikaardil Harjumaalt pärit inimesed sattunud hoopis Virumaale ning Metspalu sõnul on võimalik segi ajada ka Põhja-Lätist ja Lõuna-Eestist pärit inimesi. „Kuid suuremate rahvaste eristamiseks on see meetodika täiesti sobiv.”
