Sõja põhjuseid võib otsida pigem majandussuhetest, nimelt illegaalsest migratsioonist üle Hondurase piiri. 1967. aastal jõustunud maareformiga võttis Honduras salvadorlastest immigrantide käes ebaseaduslikult olnud maad ära ja hakkas neid jagama oma riigi kodanikele.  Kokku 300 000 salvadorlast elas siis Hondurases (mille rahvaarv oli 2,6 miljonit) ja nüüd hakati neid jõuga riigist välja ajama. Rahutused kasvasid aga juhtumisi üle pea pärast 1970. aasta maailmameistrivõistluste eelseid valikmänge Hondurase ja El Salvadori vahel, mis viisid 26. juunil 1969 finaalturniirile El Salvadori (kohtumistega 0:1; 3:0 ja 3:2).

Esimene kohtumine toimus 8. juunil Hondurase poolel ja matši võitis Honduras. Nädal hiljem sõitis Hondurase tiim aga kordusmängule El Salvadori poolele, kui hotelli aknad, kus nad ööbisid, loobiti sisse ja nende tubadesse lendas massiliselt mädanenud mune, rotiraipeid ja muud haisvat, mis muutis puhkuse enne mängu võimatuks. Mäng kaotati, kuna kogu meeskond oli tõsiselt mures, kuidas elusalt koju saada. Hondurase poolel puhkesid aga massirahutused, mida El Salvador omakorda tõlgendas (ühenduses maareformiga) "genotsiidina." Kolmanda kohtumise järel, mis oli võimalik vaid Mehhiko pinnal, katkestasid El Salvador ja Honduras 27. juunil diplomaatilised suhted.

El Salvadori presidendiks oli 1967-1972 kolonel, hiljem kindral Fidel Sánchez Hernández, kelle korraldusel tungis riigi armee (30 000 meest, pluss õhujõud) 14. juulil 1969 üle Hondurase piiri. El Salvador kasutas pommitajatena ka reisilennukeid, mille külgedele oli kinnitatud pomme, mis siis naaberriigi lennuväebaasile heideti. Sama päeva hommikul oli küll üks Hondurase lennuk eksinud väidetavalt El Salvadori poolele.

Sõjaliselt olid salvadorlased esialgu edukad, hõivates kiiresti üheksa linna ja lähenedes Hondurase pealinnale Tegucigalpale, kuni Hondurase armee toibumine ja rahvusvaheline sekkumine sundis riike siiski sada tundi hiljem relvarahu sõlmima. Hukkunud oli ligemale 900 salvadorlast ja 2100 honduraslast. El Salvadori väed tõmbusid oma riigi territooriumile tagasi augustis, sisuliselt midagi saavutamata.

El Salvador on territooriumilt (21 040 km2) oluliselt väiksem, kui Honduras (112 090 km2), kuigi rahvaarvult oli olukord vastupidine, elanikke vastavalt 1969. aastal 3,7 ja 2,6 miljonit. Ja illegaalset immigratsiooni üle piiri oli nähtud 20. sajandi algusest peale. Maareformiga alates 1967 küüditati aga tuhandeid salvadorlasi Hondurasest välja, samas kui nende õigust maale isegi ei hakatud tõestama.

Sõda võitjat ei toonud ja  kümme aastat hiljem kasvasid sisepinged El Salvadoris üle kohalikuks kodusõjaks. Honduras kisti aga 1980. aastatel tagaukse kaudu Nicaragua kodusõtta. 1980. aasta 30. oktoobril sõlmisid El Salvador ja Honduras siiski omavahelise rahulepingu, kuigi piiritülide lahendamine pole tänaseni lõplikku joont alla saanud.