1833. aastal ühinesid Tartu Maarja kihelkonna ehk maakogudus ja Tartu linna eestikeelne luterlik kogudus. Kuna seni eestlaste ja sakslaste ühiselt kasutatud Jaani kirik jäi kahele kogudusele kitsaks, otsustati, et eesti koguduse jaoks ehitatakse uus kirikuhoone ja Jaani kirik tuleb jätta saksakeelsele kogudusele.

Vaade Maarja kirikule enne Teist maailmasõda Kuperjanovi tänavalt.
Linnaarhitekt Georg F.W. Geist tegi 1834. aastal kaks erinevas stiilis kiriku projekti: ühe klassitsistlikus ja teise neogooti stiilis. Tartu Maarja kirik otsustati ehitada klassitsistlikus stiilis. Tööd tänase Kuperjanovi, Pepleri ja Tiigi tänava vahelisele alal kestsid plaanitust kauem, sest kiriku torn varises ehituse käigus ja seda tuli teist korda uuesti laduda.
1889. aastal telliti uus altarimaal Julie Hagen-Schwarzilt.
1842. aasta jaanuaris uksed avanud hilisklassitsistlikus stiilis imekaunil Maarja kirikul oli tähtis roll eestlaste rahvuslikus ärkamises. Just siin peeti esimese üldlaulupeo peaproov, kiriku tornist mängis aga pasunakoor ka laulupeo avamängu.

100. juubelini Maarja kirik ei jõudnud. Pühakoda hävis süütepommi tekitatud tulekahjus 12. juulil 1941, mil Teise maailmasõja rinne Emajõele pidama jäi. Lagedaks põles peaaegu ka kogu kiriku ümbrus. Nõukogude aja alguses tõmmati küll maha varemetes kiriku kõrge kivitorn, kuid müürid jäid õnneks püsti, need ehitati 1950. aastate teises pooles ümber Eesti Põllumajanduse Akadeemia võimlaks. Nii on Maarja kirik saatusekaaslane paarsada meetrit eemal asuva Eesti Üliõpilaste Seltsi ajaloolise majaga, mille saali samuti okupatsiooniaastatel ülikooli võimlana kasutati.

Kirik pärast põlemist juulis 1941.

1990. aastatel sai Maarja kogudus tagasi oma Õpetaja tänaval asuva pastoraadi. 2009. aastal kolis maaülikooli rahvas lõpuks Tähtverre oma uude spordihoonesse ja kogudus sai hakata taas pidama jumalateenistusi vanas pühakojas. Kuna ümberehitustööd eeldavad suuri kulutusi, tuli esialgu panna altar korvpalliväljakule.

Lammutati nõukogudeaegne kahekordne juurdeehitus. 2016. aastal valmis ehitusprojekt. 29. juunil 2017, Tartu linna päeval ja päeval, mil 148 aastat tagasi peeti seal I üldlaulupeo peaproovi (vkj 17. juuni), avati pidulikult kiriku taastamine. Tee selleks sillutas renoveeritud peatrepp – Maarja kiriku lävi on madal ja trepp tugev. Loodetavasti kõrgub juba mõne aasta pärast Tartu kohal taas Maarja kiriku torn.

Järgmisel korral räägime Euroopa esimese avaliku jõulupuu linnast.