1641. aastal alustati kiriku ehitust Narva rootsi kogudusele. Neli aastat hiljem pärandas Narva bürgermeister Diedrich Warnecken kiriku ülalpidamiseks Päite mõisa, samal aastal kinnitas Rootsi kuningriigi valitsus kiriku Narva Toomkirikuks ja rootsi kogudus kasutas seda kuni 1704. aastani.

Kirik ehitati kolmelöövilise kodakirikuna ilma kooripealseta ja eraldi torniosata aastatel 1641–1651. Kiriku ehitust alustasid kohalikud meistrid Elias Moor ja Hans Skinner. 1644. aastal kutsuti kohale kiviraidur Zacharius Hoffmann vanem, ehituses osales ka Mattias Daus. 1651. aastal valmis neljatahuline tugevasti lõigatud nurkadega kellatorn.

Jaani kirik 1856. aastal.
Kiriku hoone oli laotud paekivist. Hoone välisseintes domineerisid kaheastmelised tugipiilarid. Kiriku kaheastmeline katus ületas peaaegu pooleteistkordselt seinte kõrguse. Kompaktset kirikuruumi ristvõlvistik ja aknad olid teravkaarsed. Võlvitugedeks kasutatud ülevalt ahenevad ümarpiilarid, mis lõppesid lihtsate nelinurksete kapiteelidega, meenutasid gootikat, vaid selle vahega, et neil on kõrged plokkbaasid, mille vormi propageeriti juba 16. sajandi arhitektuuritrakataatides.

1659. aastal said Rootsi ja Saksa kirikud kannatada suures linnatulekahjus, hävisid kiriku katus ja kellatorn. 1660. aastaks kirik taastati, kuid kellatorn taastati Zacharius Hoffman noorema poolt oletatavasti 1662. aastaks.

1930. aastate postkaart Narva Jaani kiriku vaatega. Kunstnik R.Kivit.

1690. aastal remonditi kirikut uuesti nii seest kui ka väljast. 1691. aastal pärast remonti avati kiriku juures seek (pansionaat) 18 elatunud koguduseliikmele.

1704. aastal vallutas Peeter I Narva. Kirik muudeti vene õigeusu kirikuks, pühitseti Aleksander Nevskile ja anti Narva polgu kirikuks. Õigeusu kirikuna tegutses see kuni 29. juunini 1708, mil jumalateenistused viidi üle avatud Issandamuutmise katedraali, mis enne Narva vallutamist oli kuulunud saksa kogudusele ja kandis neil aastatel nime Narva Jeruusalemma Johannese kirik ehk Jaani kirik. Toomkirik suleti.

1718. aastal lubati kümme aastat varem küüditatud sakslastel ja rootslastel Narva naasta. Kuna saksa kogudusel puudus kirik, anti 1733. aastal kirik Vene keiserkojas mõjuvõimu omavate saksa päritolu Münnichi, Bironi, Ostermanni ja Novgorodi piiskopi Theofani kaasabil üle luterlikule saksa kogudusele. Pärast remonti pühitses pastor Caspar Matthias Rodde selle 1734. aastal Ristija Johannese kirikuks ehk saksa Jaani kirikuks.

Uuemates ajalookirjutistes on levima hakanud viga kiriku nimes: Narva saksa Jaani kirik ei ole kunagi olnud Püha apostel Johannese kirik. Aleksander Nevski kirik, endine Toomkirik, pühitseti ümber Ristija Johannese nime kandvaks kirikuks.

Narva vanalinn enne Teist maailmasõda. Jaani kirik asus Viru ja Koidu tänava nurgal.

Kirikus oli järjekordne tulekahju 23. aprillil 1747. Põles kirikutorn, mis taastati 1774. aastal. Taastamistööd toimusid linna ehitusmeistri Henric Wilhelm Zappe juhtimisel. 1789. sai kirik varaklassitsistlikus stiilis tornikiivri koos kullatud muna ja ristiga.

Aastail 1849–1850 toimus kirikus kapitaalremont, torni katuse kattis uuesti ehitusmeister Abram Guljuškin, torni remont jätkus Mattias Haljala juhtimisel. Muna ja risti kuldas meister Henrich Karl Zeele. Kogu kiriku remonti juhis Johan Zappe.

29. oktoobril 1850 avati kirik uuesti kogudusele kasutamiseks, kuid remont lõppes täielikult alles neli aastat hiljem.
Kirik ja kogudus kuulus koos Narva linnaga, Peterburi kubermangu ja Venemaa Evangeeliumi Luteriusu Kiriku Peterburi konsistooriumiringkonnaa Peterburi konsistooriumi haldusalasse. Narva Püha Johannese koguduse pastorid teenisid ka evalgeelseid kogudusi Jamburgis, Korovinas ning Oudovas.

Narva vanalinn enne Teist maailmasõda. Jaani kirik asus Viru ja Koidu tänava nurgal.

Vabadussõja ajal sai kirik kahjustada bolševike suurtükitulest, kuid taastati pärast sõja lõppu ning kuulus EELK Narva-Alutaguse praostkonda.
Kirik sai tugevasti kannatada 1944. aastal Narva märtsipommitamiste ja lahingute käigus ning hävitati lõplikult 1950. aastail, mil sõjas säilinud varemed lammutati. Täna kulgeb läbi kunagise kiriku Viru tänav ja asub osaliselt nõukogudeaegne kortermaja.
Järgmisel korral räägime Tartu kaubahoovi ajaloost.